El sistema de progresión de la historia en Purple Shift sigue una progresión lineal, cada "capítulo" transcurre cada vez que el grupo Purple Shift consigue efectuar su objetivo en cada club en el que entran.
En dichos capítulos, cada discoteca se divide en unas ciertas cantidades de salas, estas actúan como niveles que, al finalizarlas, activan una cinemática de transición en la que se plantea el desarrollo principal de los personajes y de la historia. Este loop es donde principalmente la narrativa progresa y da sentido a ciertas inclusiones de mecánicas o poderes de los personajes jugables, o también propuestas de nuevos obstáculos en los siguientes niveles, al mismo tiempo que profundizan en el desarrollo del mundo y de los personajes principales.
Cabe destacar que, si bien la narrativa y el juego transcurren en una gran parte dentro de las discotecas, los jugadores al finalizar un capítulo, cuando deambulan por la ciudad Blink, tienen la opción de rejugar niveles y capítulos anteriores para conseguir objetos coleccionables, mejorar sus capacidades base y conseguir mejores calificaciones en cada nivel, así que, aunque la progresión a nivel narrativo plantea una serie de eventos que no se repiten, el jugador es libre de retomar niveles anteriores.
Otro punto interesante de la progresión de la historia es que, por cada cierto nivel, el jugador tiene que tomar el control de cierto personaje, lo cual también conecta con la secuencia narrativa, donde en ciertos momentos los personajes se separarán y vivirán sucesos paralelos con diferentes perspectivas e interpretaciones, haciendo evolucionar a los personajes que adoptarán diferentes metas y mentalidades, haciendo que inevitablemente se rompa Purple Shift.